Alpha Protocol to futurystyczna gra akcji z elementami RPG. Wciel się w tajnego superagenta, który pracuje w całkowitym ukryciu. Nikt o nim nie wie, lecz bez niego doszłoby do katastrofalnych konfliktów na tle politycznym. Podczas gry bohater ciągle się rozwija, uczy się, nabywa zdolności i specjalności - jednym słowem staje się coraz lepszy. Akcja widoczna jest z perspektywy trzeciej osoby (zza pleców bohatera). Alpha Protocol umożliwia przeprowadzenie rozmów z napotykanymi osobami...